在生物学中,分析RAN是经常做的实验,其分析方式和DNA类似,可以检查生物细胞结构,当您需要分析二级结构的时候,可以选择这款软件帮助您建立分析环境,提供多种生物数据格式导入,将分析的RNA数据加载到软件就可以建立二级序列,通过图形的方式分析RNA结构依旧分子结果,并且显示碱基内容;RNAdraw(RNA二级结构分析软件)使用比较简单,小编提供了英文版本和中文版本,方便不同语言习惯的朋友使用!
软件功能
让您知道核糖苷酸的分裂情况,通过软件分析实验结果
兼容多个数据导入,从不同的生物数据加载
对分析病毒的核糖苷酸也是有作用的
也让您在分析细胞的时候获得二级序列图
RNA主要在细胞里面生存
在进行细胞学实验的时候分析RNA是最普遍的实验
您可以将生物数据添加到rnadraw建立分析
提示碱基内容,提示核酸内容
核酸的字体也是可以在软件选择的
软件特色
- DOS/UNIX文本文件可以导入到序列编辑窗口和序列信息编辑窗口。
- GenBank查找的结果文件可以导入到RNAdraw. 不同的组成内容会被放到相应字段中去。
- RNAfold结构计算输出文件可以当成新文件导入,也可以与现存的文件合并。这样就可以利用UNIX 强大的计算功能来计算,然后用RNAdraw来处理结果。
- Mfold关联Connect (.ct,.con ( GCG PlotFold -H ))文件可以当成新文件导入,也可以与现存的文件合并。这样就可以用M. Zukers不同版本的mfold程序来计算最佳的结构然后用RNAdraw来处理结果。
使用方法
1、将汉化版安装就可以启动,提示安装地址c:program filesbiochemsoftrnadraw
2、这里是软件的启动界面,您需要打开RNA文件
3、Rnafold输出文件、Mfold连接文件(.ct.con),
4、一级顺序来源、空白、导入文本文件、从剪贴板粘贴、GenBank查找结果
5、辅助信息来源、空白、导入Ms-Dos文本文、导入Unix文本文件、从剪贴板粘贴
6、新建以后您的RNA内容就在这里编辑,显示一级序列、碱基信息
7、点击这里提示一个定制RNA文库的功能,在这里显示RAN的数据
8、提示能量设置,在这里编辑碱基内容,编辑内部碱基结构
主要优势
堆积碱基对在37度的焓(0.1cal/Kmol)NST=非标配对碱基对)
37度多元环对结构的能量贡献0.01* kcal/mol
NST=非标配对之碱基对
多元环对能里贡献大致按以下方法计算:
E=末端碱基对+中间碱基对*k+非配对碱基*u
u=多元环中没配对的碱基数
k=从多元环中形成的螺旋数
5摆动末端对结构能里的贡献(在37度)0.01 "kcal/moll)
参数设置
常规选项:启动时最大化
保存2D坐标窗口
自动展开结构条目
使用 RNAdraw光标显示数据清单标记
厂成功计算提示
内存不足警告
计算失败提示
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