winplas是一款多功能的质粒绘图软件,通过该软件,用户可以轻易的绘制发表质量的质粒图,软件具有智能识别功能,它可以将各类序列进行重新排布,无论是否知道质粒的原始序列都能绘制质粒图,非常实用,在对质粒限制酶的位置查找也非常快捷,用户只需将序列文件导入软件中,点击相应的数据查找,系统就会自动为您划分序列中的限制性酶切位点,方便用户对切位点进行标注整理工作,winplas的绘图功能非常完善,可广泛应用与论文、教材的质粒插图,需要的朋友赶快下载试试吧!
质粒介绍
质粒存在于许多细菌以及酵母菌等生物中,是细胞染色体外能够自主复制的很小的环状DNA分子,是附加到细胞中的非细胞的染色体或核区DNA原有的能够自主复制的较小的DNA分子(即细胞附殖粒、又胞附殖粒)。大部分的质粒虽然都是环状构型,它存在于许多细菌以及酵母菌等生物中,乃至于植物的线粒体等胞器中。然而,1984年,在Streptomyces coelicoler(天蓝色链霉菌)等放线菌以及在Borrelia hermsii(赫氏蜱疏螺旋体)等原核生物中,又相继发现线形质粒
软件功能
1, 无论是否知道质粒的原始序列都能绘制质粒图,像Vector NTI等综合软件也能绘制质粒图,但有一个前提就是首先得知道质粒得原始序列;
2, 可读入各种流行得序列格式文件,能方便地导入各种序列信息;
3, 可自动在识别序列中的限制性酶切位点;
4, 可对序列进行各种编辑,如:从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删除等
5, 绘图功能强大,如:位点标签、任意位置文字插入、生成彩图、线性或环形质粒图谱,可输出到剪贴板或图像文件。
使用说明
1, 点击“文件”菜单中新建命令,出现MapView窗口,同时工具栏中地绘图命令显亮。
2, 点击“插入”菜单中的“空片断”命令,出现一个“Create New Plasmid”对话框。
3,-在Title栏中填入质粒名称
-在Base Pairs栏中填入质粒大小
-在Type单选框中设制质粒图谱为线型还是环形。
4, 点击“确定”后,在Map View窗口就会出现一个圆环,其中有质粒名称及质粒大小。
5, 添加文字描述、标记及弧。
①点击“Insert”菜单中“标记”命令或直接点击工具栏中的“标记”按钮,出现”Edit Maker Object”对话框。
-此时,在标记书签中的Base Pair填入添加Maker的位置,如591。
-在Label栏中,填入Maker的名称,如NheⅠ。同样可以改变NheⅠ的字体样式:加黑,斜体等。
-同样在Font书签中可以改变字体的样式、大小及颜色。
-点击OK,则在圆环591bp的相应位置出现NheⅠ的标记。
②点击“插入”菜单中“区域”命令,弹出”Edit Arc Object”对话框。
-在Arc书签中的Base Pair栏中,填入Arc的起始位置,如1254。
-在Length栏中填入Arc的长度,如701。在Label栏中填入Arc的名称,如EGFP。
-在Arc Style书签中,首先确定该Arc是否有箭头以及箭头的方向。分别对应none, 5‘→3‘,3‘→5‘,及双向。
-通过Width来确定Arc的宽度
-也可以调节箭头与Arc径宽度的比值
-改变填充样式以区分不同的Arc;改变Arc的颜色;同样也可以改变字体的样式、颜色等
-点击OK,则在图谱中1254-1955bp位置出现一个Arc,名称叫EGFP。
我们对初步得到的图谱进行编辑:
—对于任何一个项目,如需要修改,我们只需用鼠标左键选中它,并双击,即可出现相应的编辑窗口,如:
—对于文字及质粒名称、大小,我们可以用鼠标在任意位置拖放。
其它的修饰,点击Edit菜单中“质粒选项”命令,出现“质粒选项”对话框,在此,我们可以改变:
①、质粒环的粗细、大小(半径)环的颜色以及背景颜色。
②、标记连线的粗细、颜色以及标出Marker的位置。
③、Arc名称连线的粗细、颜色、Arc边缘的颜色。是否标记Arc的位置,并且可以把Arc的名称放在圆环的外面。
④、当我们绘出自己满意的图形后:
-可以直接通过打印机打印出来。“文件”菜单“打印”命令。
-保存为Winplas文件,以后可以直接用Winplas打开,“文件”菜单中“另存为”命令,选则保存位置及文件名即可。
-直接复制并到Word文档中粘贴。
相关知识
1、抗性质粒:它们带有抗性基因,可使宿主菌对某些抗菌素产生抗性,如对氨基苄青霉素,氯霉素等产生抗性。不同的细菌中也可含有相同的抗性质粒,如RP4质粒在假单胞菌属和其它细菌中都存在。R质粒还可以通过感染的形式在不同种的细菌中传播。
2、致育因子:可以通过接合在供体和受体间传递遗传物质。F因子约有1/3的DNA构成一个转移DNA的操纵子,约35个基因,负责合成和装配性伞毛。这就是DNA转移区域,受traJ基因产物的正调节。它还具有重组区和复制区。重组区含有多个插入顺序,通过这些插入顺序进行同源重组。在复制区有两个复制起始点:一个是OriV,供给F因子在宿主中自主复制时使用;另一个是OriT,供接合时进行滚环复制的起始点。
3、Col质粒:带有编码大肠杆菌素的基因。大肠杆菌素可杀死其它细菌。
4、降解质粒:这种质粒编码一种特殊蛋白,可使宿主菌代谢特殊的分子,如甲苯或水杨酸。
5、侵入性质粒:这些质粒使宿主菌具有致病的能力。如Ti质粒,此是在根癌农杆菌中发现的,现经过加工用来作植物转基因的一种常用载体。
6、隐秘质粒:不显示任何表现类型,主要通过物理方法才能发现。
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