shelXle提供三维结构编辑功能,可以通过这款软件设计结构模型,您可以在软件设计分子结构图,可以在软件设计原子结构图,设计结果可以保存为res,也可以直接保存为jpg图像,对于需要设计生物模型的朋友很有帮助,这款软件功能还是很多的,可以直接添加模型到软件编辑,可以在软件调整氢键参数,可以将模型数据转换为表格,内置的编辑器使用户可以完全控制SHELXL输入文件,这意味着可以直接添加更高级的SHELXL命令,帮助用户在设计结构图的时候快速完成编辑,如果你需要设计生物结构图就可以下载这款软件!
软件功能
信息窗口
收集所有文本输出并将其显示在信息窗口中。将结构中发现的氢键制成表格。该窗口的内容在内部以HTML格式存储;它的任何部分都可以轻松地被标记,复制并粘贴到文字处理程序中。距离,角度,扭转角和均方位移幅值的差异可能会显示在信息窗口中,并在适当的地方显示晶体对称算子。自由变量的值及其使用频率也可以在信息窗口中找到,电子密度图的统计细节也可以找到
内置的编辑器使用户可以完全控制SHELXL输入文件。这意味着可以直接添加更高级的SHELXL命令。尽管如此,常规结构细化中的许多任务可能是重复性的且耗时的,因此ShelXle提供了加速其中某些功能的功能。示例包括应用建议的加权方案或更新UNIT指令中的单元格内容以使其与原子列表一致。
当前编辑的.res文件将另存为.ins文件,并启动SHELXL改进作业。细化可以遵循输出窗口,突出显示重要项目以提高可读性。优化完成后,用户可以选择更新编辑器窗口还是放弃结果。如果在优化过程中发生严重错误,则会阻止更新,以防止发生事故。
编辑器:语法高亮和代码字完成
ShelXle的核心功能之一是编辑器及其执行语法突出显示的功能。 所有已知的SHELXL命令都以相同的方式突出显示(深红色到浅绿色)。 永久注释(REM卡或紧跟在“!”之后)用蓝色标记,而临时注释(前一行不以“ =”结尾的行以空格开头)用深蓝色标记并带有下划线。 长度超过80个字符的行以红色背景色标记,因为SHELXL会忽略第80列之后的字符(与打孔卡不兼容)。 输入新行的前一个或两个字符后,将打开一个codecompleter函数,建议以给定字母开头的命令。 敲击“ enter”键接受建议,将命令插入为大写字母(无论是否输入)
请注意跟踪“免费变量”,这是SHELXL的一项定义功能。当编辑器窗口中的数字隐式引用一个自由变量,并且鼠标指针悬停在该变量上几秒钟时,将出现一个带有解释的弹出窗口。
类似地,将鼠标放在以命令开头的一行上时,将给出每个SHELXL命令的简短描述。
如果在编辑器中选择了包含原子的线,则在编辑器中的选定区域中右键单击即可实现原子选择。编辑器还配备了“搜索和替换”工具,该工具会以黄色突出显示编辑器中的匹配项。也可以选择整个零件(“ PART”)和残渣(“ RESI”)。此功能允许选择无序的部件,既可以单独选择也可以与订购的部件结合使用。
未选择的原子可以选择隐藏。也可以使用残基列表选择残基。此外,还提供了重新布置窗户的设施。需要时或在进行优化之前,三维显示和编辑器将同步,并保存编辑器内容。更多深奥的SHELXL说明-例如FRAG ... FEND或L.S.上的第三个数字命令–可以使用编辑器轻松添加。
它将SHELXL-associated.ins(input)和.res(output)文件的编辑器和语法高亮显示与交互式图形显示结合起来,以可视化三维结构,包括电子密度(Fo)和不同密度(Fo-Fc)地图。ShelXle的特点包括直观的原子(重)命名、强耦合的编辑器、在各种单声道和立体声模式下的结构可视化,以及一种在特殊位置上显示无序扩展的新方法。ShelXle与SHELXL的所有特性完全兼容,并且使用Qt4和FFTW库完全用C++编写。对于Windows、Linux和MacOSX以及源代码,它是免费提供的。
软件特色
1、shelXle可以帮助用户设计原子结构图,可以在软件定义图形样式
2、提供化学元素添加功能,可以快速添加化学元素到图形
3、支持Zalman Monitor 3D显示,支持切换原子、切换ADP
4、支持元素类型设置,在软件界面可以查看当前需要修复的原子类型
5、支持编辑和重命名原子,选择“重命名模式”后,会弹出一个窗口,显示元素类型
6、当不对称单元中有多个化学相同的分子时,ShelXle提供了一种以与第一个相同的方式标记后续分子的选项。
7、用户可以通过“拖放”对话框将目标分子的原子分配为与源分子的指定原子等效。
8、支持切换H键、切换深度提示、切换X射线视图、突出显示对称等价物
9、支持SHELXL编辑器、旋转时的线模型、重绘结构、从当前文件重新加载结构
安装方法
1、打开winshelx_setup-1.0.742.exe软件直接安装,点击下一步
2、提示软件的协议内容,点击agree接受协议
3、软件的安装内容,点击next
4、软件的安装地址C:\Users\pc0359\AppData\Local\shelxle
5、提示开始菜单快捷方式名字设置shelxle
6、显示安装进度,等待软件安装结束吧
7、这里是shelxle安装成功的界面,点击finish结束
使用说明
1、打开shelxle显示当前界面,如果你看懂英文就可以正常使用
2、打开shelxle文件,将res或者是ins加载到软件编辑
3、点击Change tool bar icon size更改工具栏图标的大小,可以设置32
4、也支持更改屏幕快照分辨率,可以选择修改为1280*628
5、支持更改背景颜色功能,选择新的颜色就可以完成修改
6、点击Change label color就可以更改标签颜色。也可以修改字体
7、Atom Styles是原子样式设置功能,可以在软件界面查看当前的样式
8、可以在软件修改粘结强度、详细程度、Q峰值、最大H受体距离、最小H键角
9、这里是化学元素添加功能,鼠标点击就可以在左侧的原子图显示
10、支持尝试优化,直到WGHT收敛(最多10次运行)、自动H-Fix、与WAVElength的偏差
11、可以选择指定SHELXL运行时选项,设置可执行文件的完整路径,输入命令行选项
12、 External programs是外部程序设置功能,将外部可执行文件的完整路径输入软件
13、您可以将编辑完毕的结构保存为jpg或者是保存res
官方教程
殊处理差分电子密度最大值(“ Qpeaks”)
Q峰可视化为小颜色编码的二十面体。 Q峰的颜色与峰高相对应。 单独的Q峰列表显示了颜色和峰高之间的对应关系。 将鼠标移到该列表上,将突出显示具有相同峰高的Q个峰的标签。 如果鼠标指针悬停在Q峰上方,则表示其高度的区域将在列表中突出显示。 低于某个阈值的Qpeak可以通过单击Q-peak列表暂时隐藏。 一旦以这种方式隐藏了一些Q峰,可以在鼠标指针位于列表上方时通过滚动鼠标滚轮来调整截止值。
加氢原子
通过在正在编辑的文件中生成相应的AFIX指令,ShelXle中的“添加H原子”功能会自动放置氢原子。 如果可以使用Fo–Fc图,则可以使用类似于SHELXL中的“ HFIX 137”命令的方式,使用差异电子密度来找到CH3基团中H原子的最佳位置。 由于甲基通常是无序的,因此可以将六个H原子置于理想位置
并使用自动生成的一个附加自由变量来优化占用参数以描述疾病。 图2说明了正确放置H原子时不同电子密度的作用。
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