Arlequin(遗传学分析软件)下载 3.5.2.2 绿色版

　　Arlequin是国外开发的遗传学分析软件，软件全部都是英文，如果你会英文就可以下载这款软件执行分析，这里小编推荐的是Arlequin3.5.2.2版本，与版本3.5.1.3相比，此版本仅引入了一些更改，能够分析编码为SNP的DNA序列数据（即0,1,2,3而不是C，A，T，G），可以使用64位版本的arlecore进行计算（更快，可能更大的数据集），更有效更快地读取长DNA序列，Arlequin现在可以读取多达100万个字符的行，删除了xml文件中的非法字符，如果你需要使用这款软件就下载吧！

软件功能

　　等位基因频率数据

　　原始数据仅由等位基因频率组成（仅限单基因座处理），因此这些数据不需要单元型信息。然后仅比较群体样本的等位基因频率。

　　标准数据数据

　　多态性的分子基础没有特别限定，或者当不同的等位基因被认为是彼此突变等距时。因此比较标准数据单倍型在每个基因座处的含量，而不特别关注等位基因的性质，其可以是相似的或不同的。例如，HLA数据（人类MHC）进入标准数据类别

　　RFLP数据

　　Arlequin可以处理任意长度的RFLP单倍型。每个限制性位点被认为是不同的基因座。限制性位点的存在应编码为“1”，其缺失为“0”。 “ - ”字符应该用于表示网站的删除，而不是由于点突变而导致的缺失。

　　微卫星数据

　　原始数据在此包括一个或任意数量的微卫星基因座的等位基因状态。对于每个基因座，如果想要根据逐步突变模型（用于遗传结构分析）分析其数据，则应提供微卫星基序的重复数作为等位基因定义。可能发生重复的绝对数量未知。如果扩增产物之间的长度差异是重复数目变化的直接后果，那么扩增产物的最小长度可以作为参考，允许与该参考相比，在额外重复方面编码其他等位基因。如果这种策略是不可能的，那么任何其他数字都可以用作等位基因代码，但不能假设这些数据的逐步变异模型。

软件特色

　　标准指数

　　一些多样性测量，如多态性位点的数量，基因多样性。

　　分子多样性

　　计算几个多样性指数，如核苷酸多样性，群体参数θ的不同估计量。

　　不匹配分布

　　单倍型之间成对差异数量的分布，可以估计人口统计学（新）或空间人口扩张的参数

　　单倍型频率估计

　　通过最大似然法估计群体中存在的单倍型的频率。

　　配子相位估计（新）

　　估计最喜欢的游戏阶段

　　使用伪贝叶斯方法（ELB算法）的多基因座基因型。

　　连锁不平衡

　　在不同位点测试等位基因的非随机关联

　　Hardy-Weinberg均衡

　　二倍体个体内等位基因非随机关联的检验。田岛的中立性测试（无限站点模型）

　　在无限位点模型下测试DNA序列或RFLP单倍型的随机样品的选择性中性。

　　Fu的FS中立性测试（无限站点模型）

　　在无限位点模型下测试DNA序列或RFLP单倍型的随机样品的选择性中性。

使用说明

　　Arlequin配置

　　在首次使用Arlequin之前，您需要指定Arlequin将使用哪个文本编辑器来编辑项目文件或查看日志文件。

　　此选项卡面板上的控件允许您指定应构建的项目大纲的类型。使用“浏览”按钮为项目选择名称和硬盘位置。选择所有设置后，按“创建项目”按钮即可创建项目大纲。请注意，它不会自动加载到Arlequin中。数据文件的名称应该具有“* .arp”扩展名（对于ARlequin项目）。然后，您可以按“编辑项目”按钮编辑项目

　　新的遗传结构编辑器已在3.01版本中实现。在左侧窗格中，在打开的项目中找到的所有人口样本都列在右侧列中，左侧列中有相应的组标识符。如果未定义遗传结构，则将列出“0”标识符。在右侧窗格中，显示结果结构。

　　将项目文件加载到Arlequin中

　　构建项目文件后，必须将其加载到Arlequin中。您可以通过激活菜单File |来执行此操作通过单击工具栏上的“打开项目”按钮或激活“文件”，打开项目最近的项目...菜单。应打开一个对话框，以允许选择要处理的现有项目，例如

　　Arlequin项目文件必须具有* .arp扩展名。如果项目文件有效，则其主要属性将显示在“项目”选项卡中，如下所示：

　　选择要对数据执行的分析

　　可以选择不同的分析，并在“设置”选项卡中调整其参数。

　　您可以在左侧的树中导航，以选择您设置的不同类型的计算。根据您的选择，选项卡对话框的右侧部分将显示要设置的不同参数

　　执行分析

　　可以通过单击“开始”按钮执行选定的分析。

　　如果在执行期间发生错误，Arlequin将在日志文件中写入诊断信息。如果错误不是太严重，Arlequin将打开Web浏览器，您可以在其中查阅日志文件。如果出现内存错误，Arlequin将自行关闭。在后一种情况下，您应该在启动新分析之前查阅Arlequin日志文件，以获取有关问题发生的执行位置或执行阶段的一些信息。为此，只需重新打开上一个项目，然后按上面工具栏上的“查看日志文件”按钮。在任何情况下，文件Arlequin_log.txt都位于项目结果目录中。

　　中断计算

　　可以通过按工具栏上的“暂停”或“停止”按钮随时停止计算。